- モヨロ貝塚都道府県: 北海道文化財指定: 日本国指定史跡
- 中里貝塚都道府県: 埼玉県文化財指定: 日本国指定史跡
- 入江貝塚都道府県: 北海道文化財指定: 世界遺産の構成資産
- 堀之内貝塚都道府県: 千葉県文化財指定: 日本国指定史跡
- 大木囲貝塚都道府県: 宮城県文化財指定: 日本国指定史跡
- 大森貝塚文化財指定: 日本国指定史跡種別: 貝塚
- 子母口貝塚文化財指定: 都道府県指定史跡種別: 貝塚
- 恵山貝塚都道府県: 北海道文化財指定: 都道府県指定史跡
- 曾谷貝塚都道府県: 千葉県文化財指定: 日本国指定史跡
- 森崎貝塚都道府県: 徳島県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 花輪台貝塚都道府県: 茨城県文化財指定: 市町村指定史跡
- 茅山貝塚都道府県: 神奈川県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 里浜貝塚都道府県: 宮城県文化財指定: 日本国指定史跡
- 阿高貝塚都道府県: 熊本県文化財指定: 日本国指定史跡の構成資産
- 高砂貝塚都道府県: 北海道文化財指定: 世界遺産の構成資産
- 黒橋貝塚都道府県: 熊本県文化財指定: 日本国指定史跡の構成資産