- じょうべのま遺跡都道府県: 富山県文化財指定: 日本国指定史跡
- ウサクマイ遺跡群都道府県: 北海道文化財指定: 日本国指定史跡
- チカモリ遺跡都道府県: 石川県文化財指定: 日本国指定史跡
- ピリカ遺跡都道府県: 北海道文化財指定: 日本国指定史跡
- 一乗谷朝倉氏遺跡都道府県: 福井県文化財指定: 名勝
- 万富東大寺瓦窯跡都道府県: 岡山県文化財指定: 日本国指定史跡
- 三内丸山遺跡都道府県: 青森県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 上原遺跡都道府県: 長野県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 上黒岩岩陰遺跡都道府県: 愛媛県文化財指定: 日本国指定史跡
- 井戸尻遺跡都道府県: 長野県文化財指定: 日本国指定史跡
- 今松竪穴住居跡都道府県: 岩手県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 仲原遺跡都道府県: 沖縄県文化財指定: 日本国指定史跡
- 仲泊遺跡都道府県: 沖縄県文化財指定: 日本国指定史跡
- 伊勢堂岱遺跡都道府県: 秋田県文化財指定: 日本国指定史跡
- 伝堀越御所跡都道府県: 静岡県文化財指定: 日本国指定史跡
- 入野遺跡都道府県: 群馬県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 八幡崎遺跡都道府県: 青森県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 加茂岩倉遺跡都道府県: 島根県文化財指定: 日本国指定史跡
- 勝坂遺跡文化財指定: 日本国指定史跡種別: 遺跡
- 原の辻遺跡都道府県: 長崎県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 吉野ヶ里遺跡都道府県: 佐賀県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 大アラコ古窯跡都道府県: 愛知県文化財指定: 日本国指定史跡
- 大友遺跡都道府県: 佐賀県文化財指定: 日本国指定史跡の構成資産
- 大城遺跡都道府県: 島根県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 大塚・歳勝土遺跡文化財指定: 日本国指定史跡種別: 遺跡
- 大宰府学校院跡都道府県: 福岡県文化財指定: 日本国指定史跡
- 大平山元I遺跡都道府県: 青森県文化財指定: 日本国指定史跡
- 大湯環状列石都道府県: 秋田県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 女夫岩遺跡都道府県: 島根県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 妻木晩田遺跡都道府県: 鳥取県文化財指定: 日本国指定史跡
- 尖石・与助尾根遺跡都道府県: 長野県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 岩宿遺跡都道府県: 群馬県文化財指定: 日本国指定史跡
- 常呂遺跡都道府県: 北海道文化財指定: 日本国指定史跡
- 平出遺跡都道府県: 長野県文化財指定: 日本国指定史跡
- 平原遺跡都道府県: 福岡県文化財指定: 日本国指定史跡の構成資産
- 広田遺跡都道府県: 鹿児島県文化財指定: 日本国指定史跡
- 御所野遺跡都道府県: 岩手県文化財指定: 日本国指定史跡
- 御経塚遺跡都道府県: 石川県文化財指定: 日本国指定史跡
- 徳島藩松帆台場跡都道府県: 兵庫県文化財指定: 日本国指定史跡
- 忍路環状列石都道府県: 北海道文化財指定: 日本国指定史跡
- 斎尾廃寺跡都道府県: 鳥取県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 新池埴輪製作遺跡都道府県: 大阪府文化財指定: 日本国指定史跡
- 新田荘遺跡文化財指定: 日本国指定史跡種別: 遺跡
- 明石藩舞子台場跡都道府県: 兵庫県文化財指定: 日本国指定史跡
- 是川遺跡都道府県: 青森県文化財指定: 日本国指定史跡
- 本江遺跡都道府県: 富山県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 東大寺領横江荘荘家跡都道府県: 石川県文化財指定: 日本国指定史跡
- 東高根森林公園都道府県: 東京都文化財指定: 都道府県指定史跡
- 板付遺跡都道府県: 福岡県文化財指定: 日本国指定史跡
- 柳之御所遺跡都道府県: 岩手県文化財指定: 日本国指定史跡
- 根古谷台遺跡都道府県: 栃木県文化財指定: 日本国指定史跡
- 桜馬場遺跡都道府県: 佐賀県文化財指定: 重要文化財
- 楊谷寺谷戸横穴群都道府県: 神奈川県文化財指定: 都道府県指定史跡
- 横峯遺跡都道府県: 鹿児島県文化財指定: 日本国指定史跡の構成資産
- 橋牟礼川遺跡都道府県: 鹿児島県文化財指定: 日本国指定史跡
- 池上・曽根遺跡都道府県: 大阪府文化財指定: 日本国指定史跡
- 沖ノ原遺跡都道府県: 新潟県文化財指定: 日本国指定史跡
- 津島遺跡都道府県: 岡山県文化財指定: 日本国指定史跡
- 無量光院跡都道府県: 岩手県文化財指定: 日本国指定特別史跡
- 熊山遺跡都道府県: 岡山県文化財指定: 日本国指定史跡